Sv. Marko
U luci Marić (porto Mariccio) na udaljenosti od tristotinjak metara, u turističkom naselju zvanom Nova Barbariga, pronađeni su neznatni ostaci srednjovjekovne crkve ili kapele Sv. Marka. To je bila crkva gotovo kvadratna tlocrta (6,8 x 6,3 m), s istaknutom polukružnom apsidom, a tragovi su joj neznatni jer su zidovi široki 55 cm sačuvani u visini od 20 do 70 cm.
Majka Božja
Crkva Majke Božje u Barbarigi čiji počeci vjerojatno sežu u IX. st. porušena je nakon II svj. rata, u jeku širenja ateizma i teorije da je čovjek nastao od majmuna.
Sv. Agneza
Sv. Andrija
Ostatci monumentalnoga samostanskog sklopa Sv. Andrije nalaze se nešto južnije, također na kraju naselja. Kompleks se istraživao 1975. i 1976., a pronađeni su mnogi podni mozaici, tragovi fresaka, grobnice i sl. Danas su na tom mjestu ruševine koje su zbog mnogih pokušaja devastacije ograđene žičanom ogradom. Jezgra je kompleksa lezenama raščlanjena trolisna kapela (cella trichora), u obliku djeteline, nastala na prijelazu 4. i 5. st. s višebojnim podnim mozaikom. Kapela je izgrađena na ostatcima prijašnjega rimskog zdanja, a u svakoj je apsidi bila po jedna grobnica. Nedugo nakon izgradnje prvotna je kapelica uklopljena u novoizgrađenu trobrodnu baziliku, a središnji je brod također imao podne mozaike s imenima donatora. Uz sjevernu stranu trobrodne bazilike izgrađeni su atrij s cisternom okružen porticima te stambene i gospodarske prostorije. U ranom je srednjem vijeku uz južnu stranu bazilike podignuta krstionica s apsidom i nova grobna kapela. Bogati ostatci predromaničke skulpture, kao što su dijelovi četverostranog ciborija i arhitrav oltarne pregrade s natpisom, ukazuju na adaptacije tijekom 9. st. Vjeruje se da je cijeli kompleks pripao benediktinskom samostanu tijekom 7. ili 9. st. i oni su ga temeljito obnovili. Osim toga, od 9. do 13. st. benediktinci su zapadno od bazilike izgradili potpuno novi dio koji je tvorio samostan s atrijem, cisternom i drugim prostorijama u kojima su živjeli. Samostan je s crkvom napušten u 13. st. zbog kuge.
Sv. Blaž
Mednjan je gradić ovalnog oblika do uništenja 1226. Na krajnjem sjevernom djelu još se vide ostaci crkve sv. Blaža. Prilikom sjedinjenja vodnjanskih naselja u jedno, današnji Vodnjan, preostali su žitelji štovanje sv. Blaža prenijeli u Vodnjan. Danas je zaštitnik Vodnjana sa mučenicima sv. Lovrom i svetim Kvirinom.
Sv. German
Sv. Martin
Sv. Mihovil Banjolski
U vodnjanskome polju, otprilike dva kilometra od crkve Sv. Foške, otkrivena je 1907. trobrodna bazilika s tri polukružne apside i narteksom. Dužina je bazilike 23,75 m, a širina 13,5 m. Otkrio ju je folklorist i kulturni povjesničar Domenico Rismodo (1862.-1945.), a lokalitet je nazvan Sv. Mihovil Banjolski, s pretpostavkom da je u blizini bila antičke kupelji i da je možda bila dio većega samostanskog kompleksa. Zato se mjesto zove „Banjole“ od latinskog naziva „balneolium – kupalište. Kompleksu s ostatcima srednjovjekovne bazilike pripadali su i graditeljski tragovi nestaloga naselja, ali i kapelica Sv. Mihovila iz 1456. u koju su ugrađeni veliki ulomci predromaničkoga i romaničkoga crkvenog namještaja iz obližnje starije crkve. Ti ulomci dokazuju kontinuitet kultnoga mjesta, ali svojim figuralnim bogatstvom svrstavaju cijelo arheološko nalazište među najznačajnije lokalitete Vodnjanštine.
U toj je srednjovjekovnoj fazi bazilika imala tri odvojene apside, što je inače dosta rijetko, a središnja je apsida izvana imala lezene. Brodovi su bili odvojeni sa po jednim pilastrom i s četiri stupa. Svetište je bazilike bilo odijeljeno oltarnom pregradom, a ispred svetišta, u srednjem brodu, bio je pravokutni kor i okrugli ambon (govornica). U prostoru za vjernike pronađena je škropionica i oltar s križem. Popločenje u apsidama je bilo izvedeno od nepravilnih kamenih ploča, među kojima ima ulomaka i rimskih natpisa. Najniža je razina poda u zapadnom dijelu crkve u kojem ima nekoliko stuba, a svetište je bilo također povišeno manjim stubama. Posebnu je pozornost izazvao kvadratni prostor u južnom brodu s iznimnom debljinom zidova (70 cm) za kojega se vjerovalo da se radi o zvoniku, ali je tu pretpostavku opovrgavala njegova mala površina. U dosadašnjim je istraživanjima pronađeno više ulomaka meke kamene plastike i mnogo raznobojne žbuke koja potvrđuju da je bazilika bila oslikana.
Sv. Spasitelj (San Salvatore)
Sv. Ivan Turnina
Sv. Margareta
Sv. Mićel
Nekoliko stotina metara sjevernije nalazi se i arheološko nalazište Sv. Mićel (vjerojatno Sv. Mihovil), ali se ništa pouzdano ne zna o ostatcima moguće crkve.
Sv. Petar
U blizini, u predjelu zvanom Sv. Petar (San Piero), nekad se nalazila istoimena crkva čiji je položaj danas nemoguće ustanoviti.
Majka Božja od Zdravlja
Sv. Tomo
Sv. Lucija
Sv. Petar od sedam kruna
Sv. Kvirin
Sv. Jakov, bazilika Guran
Sv. Šimun, Guran
Sv. Cecilija
Sv. Jakov, Guran
Na spomen je srušene bazilike istočno od Gurana bila podignuta nova, manja crkva sv. Jakova. Nalazila se naslonjena na kuću obitelji Cetina u Guranu. Još je 1973. godine bila pod krovom. Kad je obitelj Marija Cetine širila staru kuću, trebalo im je prostora pa je tadašnji Regionalni zavod za zaštitu spomenika kulture iz Rijeke, nažalost, dozvolio uklanjanje crkve. Od ostataka crkve ostala je kamena ploča sa natpisom i godinom izgradnje 1526. Od crkve su još sačuvani oltar, stepenice oltara, natpis i preslica bez zvona.
Sv. Severin
Sv. Mihovil, Guran
Prostrano guransko plodno polje bilo je u XII. st. dobro benediktinskog samostana sv. Mihovila iz Pule jer je i Guran potpadao pod Pulu. Godine 1216. samostan dobro prepušta u feud Andriji Giraldo. Uređenjem granica 1300. godine Guran se sjedinjuje s Vodnjanom kao dobro akvilejskog patrijarhe. Naselje se iznad današnjih kuća zvalo u rimsko vrijeme Mons paternus – Paderno, koje nestaje u kugama u XV. st.
Sv. Jakov, Monte
Brdo južno od crkve Majke Božje Traversa zove se Monte. ondje je bila crkva svetog Jakova. Monte je bilo posebno poznato po vršenju žita. Zbog čistoće grada i potrebnog mira, žito se vršilo na periferiji. Ondje su u u koloni čekali vozovi s upregnutim konjima, govedima i magarcima na red. Na crkvu svetog Makarija i njegovo štovanje u Vodnjanu podsjeća nas jedino naziv polja i ostatak ruševina.
Kapitel
Na jugu prema Fažani na početku ceste u zoni Marane s desne strane prije aleje čempresa nalazi se kapela Kapitel. U njoj se čuva se veliko raspelo, vjerojatno najveće u Istri, djelo Andrea Trevisana mjesnog umjetnika.
Sv. Franjo Asiški
San Zane (Sv. Ivan)
Zapadno od groblja u Vodnjanu u području Smaregliine ulice nalazila se crkva San Zane. Naziv je mletački što u prijevodu znači sv. Ivan apostol. Poput one u Gajani, i Vodnjan je imao crkva posvećenu istom svecu i evanđelisti.
Pra di Candia
Nekoć je groblje bilo oko župne crkve a na mjestu današnjeg bila je livada zvana Pra di Candia. Prema nekim navodima ondje je prije župne crkve bila prastara o kojoj se na žalost ništa ne zna.
Oratorij Sv. Ivana Krstitelja
Na mjestu današnjeg zvonika bio je Oratorij sv. Ivana Krstitelja koji su držali franjevci. Uz njega je bio i Hospicij za prihvat putnika i siromaha, također se tu držala škola. A na Gradini je bio franjevački eremitaž sa sličnom namjenom. Početkom gradnje današnjeg zvonika, sve je to uklonjeno.
Oratorij Kaštel
Na današnjem Narodnom Trgu bijelim kamenim pločama omeđene su granice negdašnjeg Kaštela. Kaštel znači „dvorac“ „kula“ u kojemu je stanovao gradonačelnik. Kaštel je imao nadvišenu kulu osmatračnicu, zatvoren zidinama sa „zubima“, zaštićen opkopom i mostom koji se dizao i spuštao. Unutar Kaštela je bila velika cisterna za vodu, čije se mjesto i danas vidi. Uz stan gradonačelnika još je u Kaštelu sala za suđenje, zatvor i Oratorij, tj. kućna kapela za molitvu.
Mala Gospa
Na vrhu Trgovačke ulice na mjestu spomenika Palim borcima NOBa, do 1956. postojala je crkva zvana Madonetta, što znači Mala Gospa. Crkva se tako zvala zbog svojih malih dimenzija, ali i zbog posvećenja Maloj Gospi, odnosno rođenju Marijinom. Ondašnji je biskup mons. Dragutin Nežić, nažalost, pod pritiskom tadašnjih vlasti dozvolio rušenje oronule crkve i postavljanje spomenika.
Majka Božja Pomoćnica
U istočnom dvorištu Ambulante bila je crkva Majke Božje Pomoćnice. Prema sjećanju, crkva je bila okruglog oblika kao poljski kažuni. Nije poznato kako je nakon II. svj. rata, nakon egzodusa Talijana, nestao inventar, niti kada je crkva srušena.
Sv. Nedjelja
Sv. Nikola
Na raskrižju ulica, Zagrebačkom trgu bila je nekada crkva san Nicolò – sv. Nikole. Crkva je srušena nakon francuske uprave kao i mnoge druge.
Sv. Eufemija.
Samo dvadesetak metara zapadnije. kamenom intarzijom označen je tlocrt crkve sv. Eufemije. Zvonom sa te crkve gradski vijećnici su pozivani na radne sastanke u crkvu sv. Jakova.
Sv. Lovro
Ovdje je prije ujedinjenja vodnjanskih sela početkom XIII. st. bilo naselje San Lorenzo. Za sjedinjenja, svako je selo htjelo sačuvati spomen na svog sveca. Tako je sv. Lovro, suzaštitnik Vodnjana, na glavnoj pali na dnu župne crkve.
Sv. Josip
U Vodnjan su dolazili korizme propovijedati glasoviti propovjednici iz Italije. Posebno se narod bio vezao na kapucine i pod svaku cijenu ih htio imati u svojoj sredini. Zato je 1745. dobrovoljnim radom izgrađen samostanski kompleks s crkvom sv. Josipa, klaustrom, cisternom i vrtom. Kapucini su ovdje živjeli pedeset godina, do dolaska francuske uprave 1805. koja je ukinula samostan i pretvorila u Mornaričku bolnicu. Neko je vrijeme ovdje i Austrija imala bolnicu. Austrija je nakon preseljenja bolnice u Pulu na molbu župnika dio samostana prepustila časnim sestrama Presvetih Srdaca koje su ovdje imale dječji rikreatorij. Domenico Rismondo je kao veliki ljubitelj lokalne povijesti u klaustru bio postavio lapidarij. Nakon II. sv. rata, nove su vlasti od velike crkve napravile kinodvoranu, od vrta gradski park, u prostor se samostana bespravno uselila obitelj a lapidarij je odnio Arheološki muzej u Puli. Kad je kino prestalo raditi, ovo je zdanje na žalost potpuno zapušteno i danas uglavnom ruševina. Župnik je predlagao da se ovaj kapitalni objekt upotrijebi za Međunarodnu restauratorsku školu u koju bi dolazili studenti i raznih zemalja sa svojim stipendijama i studijski bi se restauriralo ogromno kulturno blago Istre koje propada.